Станция Биробиджан находится на транссибирской магистрали, связывающей ЕАО с городами Дальнего Востока и с центральными городами России на западе. Есть поезда пригородного сообщения: в Чегдомын – 1 раз в день, в Облучье-2 раза в день, в Хабаровск- 3 раза в день. В 30 км от города находится аэропорт Желтый Яр, из которого выполняются рейсы в Хабаровск и в Комсомольск-на Амуре.
Междугородное автобусное сообщение выполняется по маршрутам: Бира – трижды в день, Амурзет – 4 раза в день, Комсомольск-на Амуре, Русская Поляна – 2 раза в день, Кульдур, Новотроицкое – 1 раз в день. Местные маршруты: Желтый Яр – 4 раза в день, Вальдгейм – 11 раз в день, Красный Восток – 7 раз в день, Кирга – каждый час.
Городской транспорт Биробиджана – это 24 автобусных маршрута, связывающих центр города с его окраинами и ближайшими пригородами.