Среди южнославянских областей, которые образовали собственные государства и приняли христианство, Босния оказалась последней. В результате своей географической изолированности, провинция не получила ни экономического, ни культурного, ни религиозного влияния соседних Византии, Германии и Священной Римской империи. В 1463 г. Османской империей была взята под свою власть практически вся раздробленная Босния. А в 1482 туркам подчинилась Герцеговина. В 1526 г. османы одержали победу над венграми в битве при Мохаче, и через 2 года под их властью оказалась оставшаяся территория Боснии. Под турецким господством Босния и Герцеговина существовала вплоть до 1718 г., в котором Габсбурги взяли под свою власть некоторые области страны.

В Боснии и Герцеговине существовала собственная религия, которую не признавало христианство, – манихейское дуалистическое учение. Турки насильно заставляли боснийских богомилов принимать исламскую веру. Это было уникальное по своим масштабам и массовому характеру обращение Боснии в чужую для нее веру. Османы сохранили территорию Боснии, и даже увеличили ее за счет хорватских областей. Со временем в стране появилось целое сословие - наследуемое дворянство, которое выделилось из мусульманской боснийской элиты. В связи с появлением в Боснии православных влахов стали усиливаться религиозные конфликты. Влахи устраивались на службу в пограничную стражу, а вскоре они начали относить себя к сербам. Все больше католиков Герцеговины стало принимать православную веру. В 1839 году Османская империя издала указ о равенстве перед законом всех своих подданных. 
Активное развитие экономика Боснии и Герцеговины получила в период австро-венгерского правления. В то время велось интенсивное строительство железных дорог, заводов и фабрик. А также были основаны банки.
Перед началом Первой мировой войны у руля националистического сербского движения в Боснии и Герцеговине встали радикалы. Их целью было объединение с Сербией путем террористических методов. В июне 1914 г. в Сараево был убит наследник австрийского престола эрцгерцог Франц-Фердинанд. Это послужило Австро-Венгрии поводом для объявления Сербии войны. Так началась Первая мировая война.
Итак, Босния и Герцеговина со своим этническим и религиозным разнообразием, а также междоусобными конфликтами является самой сложной и опасной областью бывшей Югославии. После принятия 15 октября 1991 г. декларации о суверенитете в Боснии и Герцеговине началась гражданская война, продолжавшаяся до середины 90-х годов. Боевые действия начались между православными сербами, мусульманскими боснийцами и католиками-хорватами.
Мостар был основан в XV веке на левом берегу реки Неретвы еще до османского нашествия. Тогда же был построен деревянный мост, висевший над рекой на огромных цепях. К мосту были приставлены стражники, которых называли «мосторями». Отсюда и появилось название города. Во времена правления Османской империи Мостар стал крупным административным и военным центром. Именно тогда появилось большое количество мусульманских мечетей. В 1767 г. православный архиепископ выбрал город в качестве своей резиденции. А с 1847 г. в Мостаре обосновался и архиепископ католический.